شهر قم که نخستين مرکز مستقل برای مذهب تشيع دوازده امامی است، از قرن دوم به اين سو، به طور کامل دراختيار پيروان اين مذهب قرار داشته است. مردم اين شهر به دليل پيروی از امامان، احاديث آنان را نگاه می داشتند و ـ به جز بغداد ـ چون مرکز ديگری نداشتند، اين شهر را به صورت مرکزِ حديث شيعی درآوردند. شمار زيادی از اشعريان قم، نامشان در کتاب رجال النجاشی که فهرست مؤلفان شيعه تا قرن چهارم است، آمده است. همين طور، نام بسياری از ساکنان اين شهر را، در اسناد کتاب کافی به عنوان راوی اخبار امامان، مشاهده می کنيم.

شهرت علمی شهر، از قرن پنجم به اين سوی، از ميان رفت و مرکزيت علمی شيعه در ايران به ری و شهرهای شمالی ايران انتقال يافت. به رغم آن که، بنا به گزارش عبدالجليل رازی، در قرن ششم مدارسی در اين شهر بوده، (نقض، 195 ـ 196) و در دوره صفوی نيز عالمانی مثل فيض کاشانی (م 1091) يا ملامحمد طاهر قمی (م 1098) در اين شهر بوده اند، اما آثار علمی و چهره های برجسته شناخته شده چندانی در ميان قرون پنجم تا دوازدهم وجود ندارد.

رشد علمی مجدد قم، همزمان با توجه خاص دولت مردان قاجاری به اين شهر بوده است. يک چهره جهانی در شيعه، ميرزای قمی (م 1232) است که روابط خوبی با فتحعلی شاه قاجار داشته و به خاطر مرجعيت علمی و تأليفات مهمش، به عنوان يک نقطه عطف در مرکزيت علمی اين شهر به حساب می آيد. با اين حال، در تمام دوره قاجاريه، شهر قم، هم چنان مرکزيت زيارتی داشت، نه علمی.

دوره جديد مرکزيت علمی اين شهر برای مذهب شيعه، از مهاجرت حاج شيخ عبدالکريم حايری يزدی(1276 ـ 1355 ق) در سال 1340 ق به شهر قم آغاز می شود. درست در سال هايی که دولت قاجاری رو به انحلال رفته و دولت پهلوی شکل می گرفت، حوزه علميه قم، با يک اتفاق ساده، يعنی مهاجرت اين عالم آغاز شد. پيش از آن و هم زمان با آن، شهر نجف، مهم ترين مرکز تربيت عالمان شيعه به حساب می آمد.

حايری تحصيل کرده عتبات عاليات بوده و پس از تکميل تحصيلات، برای ارشاد مردم و تدريس علوم دينی به طلاب، در سال 1332 ق به سلطان آباد اراک آمد؛ اما وی دريافت که موقعيت قم، که همانند نجف جنبه زيارتی داشت، بهتر می تواند برای تأسيس يک حوزه درسی مناسب باشد. بنابراين در رجب سال 1340 (دقيقا از نوروز سال 1301) به دعوت علمای قم در اين شهر رحل اقامت افکند و حوزه علميه قم را تأسيس کرد. وی تا پانزده سال بعد از آن که زنده بود، توانست عده ديگری از علما را به اين شهر دعوت کند؛ مدرسه فيضيه قم را توسعه بدهد؛ به طلاب شهريه مختصری بپردازد، و با سياست پرهيز دادن طلاب برای ورود در عرصه سياست، از فشار رضاشاه پهلوی بر قم بکاهد. شهرت فيضيه که مدرسه ای کهن از قرن ششم هجری بود، (تربت پاکان، ج 1، ص 132) و بعدها در عصر صفوی (توسط طهماسب اول در سال934 ق) و قاجاری (توسط فتحعلی شاه در سال 1213 و 1214 ق) توسعه و تجديد گرديد در اين زمان، به دستور حايری طبقه فوقانی و کتابخانه بر آن افزوده و تعميرات اساسی در آن صورت گرفت، از همين زمان آغاز می شود.

حوزه علميه قم، از پس از درگذشت حايری (17 ذی قعده 1355 10. بهمن 1315) تا آمدن مرحوم بروجردی (1323 ش) و مرجعيت وی پس از درگذشت سيد ابوالحسن اصفهانی در نجف (1325) دوره فترتی را می گذراند. البته با رفتن رضاشاه از ايران در شهريور 1320 و برداشته شدن فشارهای مذهبی، تعداد زيادی از جوانان، طلبه می شوند. با آمدن مرحوم بروجردی از بروجرد به قم، حوزه علميه رشد سريع خود را آغاز می کند. در اين زمان برخی از شاگردان حايری نيز هر کدام تدريس می کنند که از آن جمله امام خمينی است که بعدها انقلاب اسلامی ايران را رهبری کرد. به مرور از زمان مرحوم حايری به بعد، شماری از روحانيون ايرانی مقيم نجف نيز به قم عزيمت کرده و در اين فعاليت مشارکت می نمودند. (آثارالحجة، ص 76 ـ 86) در دوره مرحوم بروجردی، اندک اندک، روحانيون به مداخله در سياست پرداختند؛ چرا که سختگيری گذشته از ميان رفته بود و با توجه به رواج افکار ضد دينی، چه از سوی دربار پهلوی وچه احزاب کمونيست، موقعيت سياسی و اجتماعی روحانيون در ميان دينداران افزايش يافت.

به هر روی، مرحوم بروجردی افزون بر آن که به وضعيت عمرانی بسياری از مدارس رسيدگی کرد،مسجد بزرگی هم با عنوان مسجد اعظم (آغاز بنا 1374 ق . 1333 ش) در کنار حرم ساخت که از همانزمان تا امروز، مرکز برگزاری مهمترين درسهای حوزه علميه و بهترين استادان ميباشد. در اين دوره، دومجله مذهبی نيز انتشار مييافتند.

مرحوم بروجردی در فروردين 1340 درگذشت و پس از وی چندين نفر از علما به مقام مرجعيت دست يافتند. از ميان آن ها امام خمينی با وارد در صحنه سياست و درگير شدن با نظام پهلوی در سال 43 ابتدا به ترکيه و سپس به عراق تبعيد شد و در نجف اقامت گزيد. ورود دوباره روحانيت به عرصه سياست ـ پس ازتجربه انقلاب مشروطه ـ از زمان مرحوم بروجردی به صورت خفيف آغاز شد. دوران پر الهتاب اعتراضات سياسی در قم، در ميانه سال های 1340 تا 1343 ش بود؛ زمانی که روحانيون به مخالفت بااصلاحات ارضی شاه، لوايح شش گانه انقلاب سفيد، کاپيتولاسيون و ديگر تغييراتی که در قانون اساسی داده می شد، مخالفت کردند. خونين ترين اين درگيری ها که نه تنها در قم، بلکه در تهران و بسياری ازشهرها صورت گرفت و سبب برآشفتن مردم بر ضد دربار شد، در پانزدهم خرداد 1342 در اعتراض به زندانی کردن رهبر روی داد.

پس از تبعيد امام خمينی از قم در سال 1343، مرجعيت دينی به طور عملی در شهر قم، در اختيار محمد کاظم شريعتمداری (م 15 فروردين 1365 ش. 24 رجب 1406ق) محمدرضا گلپايگانی (م 18 آذر1372ش . 24 جمادی الثانيه 1414 ق) و شهاب الدين مرعشی نجفی (م 5 شهريور 1369 ش) قرار گرفت که هر کدام چند مرکز علمی و تدريسی و تبليغی و کتابخانه ای تأسيس کردند. مجموع طلاب دينی ساکن در قم، در اواخر دوره رضاخان در حدود پانصد نفر بوده است. (آثار الحجة، ج 2، ص 119) اين رقم در سال 1354 بالغ بر شش هزار نفر بوده است. اين رقم در سال 1370 بالغ بر 23 هزار نفر بوده است. و در حال حاضر رقم طلاب ايرانی و غير ايرانی بالغ بر 35 هزار نفر در قم می باشد. در سال های پيش از انقلاب مدارسی به سبک جديد در قم ايجاد شده که نمونه معروف آن مدرسه حقانی است که پس از انقلاب بسياری از فارغ التحصيلان آن در قوه قضاييه به کار مشغول شدند. مدراسی نيز زير نظر آيت الله گلپايگانی فعاليت خود را در سال های پيش از انقلاب آغاز کرد که سنتی تر بود.

بعد از انقلاب اسلامی، حوزه علميه قم، با هجوم شمار زيادی طلبه جوان رونق گرفت و مدارس تازه ای افتتاح شد. به تدريج مرکز ويژه ای برای برنامه ريزی يکسان مدارس آغاز شد که آن را شورای مديريت حوزه علميه قم ناميدند. در سال های اخير يک شورای عالی برنامه ريزی و يک مديريت متمرکز ايجاد شده است که مدارس فراوان اين شهر و ساير شهرها را اداره می کند. طلاب پس از گذراندن هشت تا ده سال تعليم، به طور آزاد به بازار کار خود روانه می شوند. شماری از آنان برای تکميل تحصيلات در حوزه می مانند که به مرور به سمت مُدرّسی رسيده و از ميان آنان، شمار اندکی واجد شرايط مرجعيت می شوند. انتخاب شدن به عنوان مرجع، بيش از هرچيز بسته به تحصيلات، مشی اخلاقی و دست يافتن به جلب اعتماد مردم و در واقع به دست آوردن محبوبيت مردمی است.

در سال های اخير يکی از تشکل های معروف علمی ـ سياسی حوزه علميه قم، تعدادی از کانديداهای مرجعيت را از ميان علمای بنام قم، برای مردم معرفی کرد تا مردم از ميان آنان، يکی را برگزينند. اين درحالی است که در نجف نيز کسانی برای مرجعيت مطرح بوده و هستند.

از آغاز انقلاب اسلامی، شمار زيادی از مسلمانانی که دوستدار تحصيل در ايران به سبک طلاب و علمای ايرانی بودند، به قم عزيمت کردند. اينان ابتدا در مدرسه بزرگی در مرکز شهر با نام مدرسه حجتيه اسکان داده شدند. به مرور مديريت مستقل و متمرکزی يافته و در مدرسه بزرگی که در سال 1372 .... با نام مدرسه امام خمينی تأسيس شده، متمرکز و به تعليم ادامه می دهند. اين طلاب از بسياری از نقاط جهان به ويژه کشورهای هند، پاکستان، کشورهای افريقايی و جز آن ها هستند. برخی از طلاب کشورهای عربی مانند کشور سعودی، بحرين و غيره، مدارس مستقل و اختصاصی خود را داشته و دارند.

افزون بر مدارس، در قم دانشگاه دولتی نيز وجود دارد که حاصل تبديل نوعی مرکز علمی ـ دينی بود که اوايل به نام مدرسه عالی قضايی، قضات روحانی تربيت می کرد و به مرور تبديل به دانشگاه قم برای تربيت دانشجو در رشته های مختلف علوم انسانی شد. يک مجتمع آموزش عالی وابسته به دانشگاه تهران و نيز دانشگاه آزاد اسلامی و دانشگاه فاطميه نيز در اين شهر با شمار زيادی دانشجو فعاليت می کنند. مجموع اين ها شهر قم را به صورت يک شهر فرهنگی درآورده است. در حال حاضر، دانشگاه ها و مراکز پژوهشی دولتی ـ حوزهای نيز در قم وجود دارد که به نوعی به تربيت دانشجو ـ طلبه اختصاص دارد. از آن جمله می توان به دانشگاه مفيد، دانشکده باقرالعلوم، دانشکده شهيد محلاتی (متعلق به سپاه پاسداران) و دانشکده صدا و سيما اشاره کرد. اين مراکز در رشته های متنوعی از علوم انسانی فعاليت می کنند.

شهر قم، پس از شهر تهران، بيشترين چاپخانه، ناشر و کتاب فروشی را داشته و بيشتر در زمينه های علمی ـدينی، به نشر کتاب اشتغال دارد. هم چنين مراکز فرهنگی ـ تحقيقاتی متعددی در قم وجود دارد که درسالهای اخير، با استفاده از ابزارهای پيشرفته، به کار پژوهش در زمينه های مختلف علمی ـ دينی اشتغال دارند. (بنگريد: کتاب زرد، بشير 80، مرکز مديريت حوزه علميه قم، 1380). بسياری از اين مراکز مجلاتی را منتشر می کنند که شمار مجموع آن ها، بالغ بر سی عنوان می باشد. بيشتر آن ها مجلات تخصصی درموضوعات ويژه هستند که به نوعی به تحقيقات دينی ـ فرهنگی، و دينی ـ سياسی مشغول اند. (بنگريد:باباميری، راهنمای مطبوعات قم 1302 ـ 1379).